6 июля 1661 года по просьбе князька Яндаша, стоявшего во главе местного бурятского племени, кочевавшего по реке Иркуту, отрядом русских казаков во главе с Яковом Ивановичем Похабовым был построен Иркутский острог. В первые годы острог назывался Яндашским. О постройке острога Похабов доносил енисейскому воеводе И. И. Ржевскому: "Государя царя Великого князя Алексея Михайловича и всея Великия и Малыя и Белыя Росси самодержца воеводе Ивану Ивановичу Енисейский сын боярский Якунька Иванов Похабов челом бьет. В нынешнем 169 году июля в шестой день против Иркута реки на Верхоленской стороне государев новый острог служилыми людьми ставлю, и башни и потолок срублены и государев житный анбар служилые люди рубят, а на анбаре башня, а острог не ставлен, потому что слег не достает, лесу близко нет, лес удален от реки. А инде стало острогу поставить негде, а где ныне бог позволил острог поставить и тут место самое лучшее, угожее для пашен, и скотиный выпуск и сенные покосы и рыбные ловли все близко, а опроче того места острогу ставить cтало негде, близ реки лесу нет, стали места степные и неугожие. А как бог совершит наготово острог, и о том будет писано в Енисейский острог к воеводе Ивановичу". Острог имел как военное, так и экономическое значение, в нем находился гарнизон, хранилось оружие, боевые припасы, велась торговля с бурятским населением Прибайкалья.

Острог простоял недолго, он был поставлен в одно лето, чтобы было где зимовать, лес брали от корня, сушить его было некогда. К тому же он был мал: восемь саженей в длину и семь в ширину (семнадцать на пятнадцать квадратных метров). На месте разобранного острога в 1670 году артелью енисейских плотников был возведен новый острог. В артель входили Федор Хлызов, Трифон Никифоров, Григорий Щукин, Иван Радионов, Семен Яковлев. Руководил работами Андрей Барнешлев, опытный строитель, человек, сведущий во многих ремеслах, смелый и отважный, он был из числа людей вошедших в историю Сибири под именем землепроходцев.

В челобитной Андрея Барнешлева, отправленной царю из Енисейского острога есть довольно подробное описание Иркутского острога 70-х годов XVII века: "мне, холопу твоему, велено в Ыркуцком новый острог поставить для остережья от немирных мунгальских людей разных земель и в прошлом, государь, во 179-м (1670) году сентября в 1 день я, холоп твой, служилыми людьми сприезду своего и с пашенными крестянами за помощью божьею в Ыркуцком на Мунгальской границе возле Ангары пониже устья Иркутска реки вниз по Ангаре на правой стороне новой Иркуцкой острог посавил: мерою того острогу длиннину и по перешину по пятидесяти сажень печатных в стене и всего, государь, мерою Иркуцкой острог в стенах, кроме башен, двести сажень печатных, а острожины поставлены длиною по три сажени печатных с аршином, да от Ангары реки на передней острожной стене сверху на углу башни о трех жильях снизу анбары, над анбаром горница, над горницею развал с жильем, над развалом вышка с перилами и подле той башни двор, где живут приказные люди, да на той же острожной стене в середине башня спасская, под нею ворота проезжие, над вороты анбары казенной, над анбаром развал з жильем, над развалом вышка с перилами, да у той же, государь, башни с острожную сторону зделан предел, а в пределе стоят нерукотворный образ господа бога и спаса нашего, Иисуса Христа, а с переднею сторону от Ангары реки предел, а в пределе стоят образ знамение богородицы, на нижнем углу той острожной стены башня, снизу казачья изба, над избою анбар, над анбаром развал з житьем, над развалом вышка с перилы. И те, государь, все три башни з боями крыты тесом, вышина башням по девять сажень печатных с аршином, а на горной, государь, острожной стене сверхную сторону на углу башня, сысподи изба казачья, в середине острожной стены проезжая башня с вороты, над вороты анбары, над анбаром развал с жилья, поверх развалу вышка, а на нижнем углу острожной стены башня, снижу изба казачья, над избою развал з житьем, над развалом вышка, а те, государь, башни крыты тесом, а вышина тем башням по осьми сажень печатных с верхними и средними и ножними боями. И кругом башен для вылазов и для очищенья башен и острогу построены по углам острожные выводы з боями. А на верхней острожной стене в середине построен анбар о трех жильях для забору десятинных хлеба, на нижной острожной стене в середине ворота проезжие в посад, над ворота анбар з боем. Да в остроге ж, государь, поставлена изба для стенного каркулу, да в том же остроге поставлен анбар, под ним погреб с выходом для твоей госоударевы зеленной пороховой и свинцовой казны, а коло того острогу поставлены надолбы мерою четыреста сажень..."

Из дальнейшего текста челобитной понятно, чт строить новый острог пришлось очень быстро - "днем и ночью наскоре". Андрей Барнешлев писал: "А прежний, государь, Иркуцкий острог в поставке был ерою в длину девять сажень печатных, поперег восемь сажень, и тот острог прогнил и развалился врознь, а у нужного (тревожного), государь, времени служилым и ясачным людям и пашенным крестьянам з женами и з детьми вместица было негде..."

В 1672 году на территории Иркутского острога была выстроена деревянная Спасская церковь

Известный дипломат Николай Спафарий, побывавший в Иркутске в 1675 году, отметил в своем дневнике: "Острог Иркуцкой стоит на левой стороне реки Ангары на берегу (Спафарий определял берега реки по пути своего движения, а не по течению реки, у нас считается, что Иркутск стоит на правом берегу), на ровном месте, и острог строением зело хорош, а жилых казацких и посацких дворов с 40 и больши, и место самое хлебородное". Силуэт городских строений был виден издалека, и по мере приближения открывался внушительный облик крепости с островерхими шпилями башен, церквей и колокольни. У стен крепости под парусами стояли струги, покачивались на воде плоты, дощатники, карабасы.

Острог постепенно рос и укреплялся. По "описи" 1684 года он имел: "6 башен с мосты, три башни покрыты тесом, три дранью, в 2 башнях ворота проезжие створные, у одних башенных ворот калитка проходная на железных крюках с петли железными и с замком весным, да в острожной же стене двои вороты, у одних ворот засов железный с петли железными да в острожной стене калитка малая проходная, в той же острожной стене приказная изба с сеньми покрыта тесом... Да на проезжей башне казенный анбар, а у дверей замок... всреди острога церковь... под папертью кругом 6 лавок о 2 житиях, колокольня новая рубленая шатровая с переходы, а под нею 4 лавки да анбар церковный, казенный; в остроге анбар житничный, об одном житье, крыт тесом".

В острожной стене был "государев двор", где жили иркутские воеводы. Дом воеводы имел две горницы (комнаты) "одна под башней, а другая на жилом подклете". В тех горницах "3 оконницы слудные, обиты железом белым". Между горницами 2 сени, изба "о двух печах", где жили воеводские люди, амбар "о трех житьях", погреб "с выходом", над ним амбар, "наледник" и над ледником амбар, поварня, мыльня (баня).

За острогом были баня "людская", огород "частокольный с воротцы" и в огороде - рассадник. В остроге под башнями находились 3 избы, где жили холостые казаки, гостиный двор ("изба гостина двора, а против избы клеть с подклетью и сеньми"). В остроге же была караульная изба, где содержались "3 человека аманатов" (заложников).

В 1693 году Иркутская острожная крепость была перестроена, ее сделали прочнее и просторнее. Городские стены крепости были сделаны не тыновыми, как прежде, а рублеными. Каждая стена состояла из нескольких бревенчатых срубов, плотно скрепленных один с другим. Было поставлено пять новых башен.

В этом же году за городовой стеной был поставлен Богоявленский собор. Вокруг острога выросло новое поселение - посад, в нем находились избы, где жили ремесленники, купцы и промышленные люди. Жители посада назывались посадскими людьми.

В 1701-м году Иркутск после перестройки 1693 года выглядел так: "Великого государя Иркуцкой город рубленой мерою в длину и в ширину по шестьдесят сажен, крыт тесом, в вышину до обламов, двадцать один венец, обламов пять венцов. По городу строения: пять башен новых в вышину до обламов по сороку венцов, обламов по шесть венцов, в том числе четыре башни четвероугольные, пятая - проезжая осьмиугольная, вверх о трех уступах большая, да башня ж четвероугольная проезжая, старая, с мосты, на ней казенный анбар и на той башне кровля от ветхости прогнила. Да вместо башни сушило с мосты с верхними и средними и подошвенными боями...". Из старых башен сохранилась только одна 4-угольная проезжая с казенным амбаром наверху. Дом воеводы состоял уже из четырех горниц, а не из двух. Таможенная изба, гостиный двор и базар были построены за пределами острожной стены - в посаде, количество лавок увеличилось с 10 до 23.

Иркутский острог считался важным опорным пунктом Русского государства на востоке страны, поэтому он укреплялся и вооружался лучше, чем Братский и Балаганский остроги.

Вооружение его в 1701 году составляли 3 медные пушки (из них две "иркутского литья"), 65 мушкетов и самопалов, 31 пищаль, 28 колыпок, 18 пыжевников, 41 бердыш, 603 штуки пик, копий и спиц. В оружейном амбаре и пороховом погребе хранились боевые припасы: 69 ядер, 15 "мешочков пушечных", 83 пуда 12,5 фунтов свинца для пуль, 30 пудов 8 фунтов фитиля и 2 пуда 1 гривенка пороху к мелкому ружью. Имелись также "парадные" предметы: 8 знамен, 4 протазана с чехлами, 5 барабанов, 26 больших и 106 маленьких прапорцев (флажков - боевых значков).